巢元方，隋代医家。大业中任太医博士、太医令。大业六年，奉诏主持编撰《诸病源候论》五十卷，分六十七门，一千七百二十论，是中国第一部专论疾病病因和证候的专书。
巢元方籍贯、生卒年均不详，一说为西华人。《隋书》无巢氏传记，仅宋代传奇小说《开河记》有一段关于巢氏的记载。说隋大业五年八月，开凿运河总管患风逆症，隋炀帝命太医令巢元方往视得疗。虽然巢元方的生平事迹缺乏史料记载而混没于历史的尘封中，但巢元方对于中华民族五千年文明的伟大贡献，却以他殚精竭虑主持编纂整理的中医病因学巨著《诸病源候论》为载，而永垂史册。
巢元方在《诸病起源论》对寄生虫病发病原因、不同病的发病区域、各疾病的证候表现及对寄生虫性状、生活习性和侵入途径等一系列进行观察记载，至今仍然具有大的领先意义。巢元方在论述血吸虫病(古名为射工、溪毒、水毒等)时指出：血吸虫病发病具有地域特殊性，参吴以东、江南一带的山洞溪水、水泽沼地为该病流行区域。血吸虫的生活习性发病季节，巢元方认为血吸虫冬月蛰服土内，夏月在水内，人行水上及以水洗浴时易患病；雨水过大，便随水流入人家。
发病季节多为春秋两季，患者有疫区水域接触的经历。关于血吸虫病的征候表现，在水毒、射工、溪毒、中水、溪温等病名下均有描述，主要表现为初起寒热恶冷、头微痛、目眶痛、腹痛、心烦、洞泄、齿龈溢血，继则饮食不入，神志错乱恍惚等等。
巢元方在当时可能实施的条件下提出一独特的诊断方法：以大蒜数升捣碎放入温水中，令患者自浴，浴后遍身赤色斑纹出现者，即为血吸虫感染。这方法以今天的角度来看，或许早已落后不足一提，然而对一千多年前的医学及社会发展水平而言，是一大胆的探索和可行的措施。
关于沙虱(恙虫病)感染人，巢元方指出系由于在疫区的山洞水泽中洗浴，或阴雨天行涉于草丛中，细不可见的沙虱便“着于人身”，“钻入皮里”。关于预防发病的方法，巢氏指出应以微火熏燎有可疑接触史者全身，以期沙虱畏热而自行堕地。在关于沙虱病的记载中，古老的以毒攻毒思想具有免疫学意义上的萌芽作用，巢氏提出在冬季将沙虱研为细屑，合麝香末涂于周身，以期预防日后发病。
关于疥疮病，经过详尽地临证观察，巢氏对疥疮的好发部位为手足之间，以后渐及身；致病原因为状如水内疥虫感染；疥疮发病部位溃烂处可用尖细物挑出疥虫；而治愈该病的关键在于虫死病除等等，均有较为正准地论述。他指出感染途径为身接；愈后善恶在于疥虫侵入体内的数量及深浅程度；治疗时可采用艾灸疮面的简便易行方法以杀灭疥虫。
肠道寄生虫的记载关于绦虫病，巢元方指出是由于食入不熟的牛肉导致发病。命名为“寸白虫”，为九虫之一，每节长一寸而形扁色白。或因食生鱼饮乳酪而致使寸白虫入侵内。
关于蛔虫，书中称为“蛇瘕”，因蛔虫形状似蛇，发病时多缠绕成团而似瘕，成因在于饮污井之水、吞蛇鼠之精等不良饮食习惯。
巢元方在没有任何可以借助的观察检测仪器的条件下，通过大量精细入微的临床观察和天才猜测，对于各种寄生虫病的论述大都比较切合实际，以至在千余年后我们在了解了《诸病源候论》的这部分有关内容时，仍然深刻地感受到巢元方严谨的科学态度和不灭的理性光辉。
巢元方在《诸病源候论》中关于“漆疮”的描述，弥补了病因学在过敏性疾患这一领域中的空白。巢元方观察到同样接触到漆，有人立即面痒，继之胸、臂、腿及身各部均瘙痒肿起，凡以手搔之，红肿迅速蔓延；重者通身疮毒如豆或大如杏枣，脓肿热疼痛；再次接，依然发病如初，这类人便是“禀性畏漆”者；而另有许多人终日烧煮漆，却反不为之所害。巢元方认为这是在于人本性中对漆耐不耐之别的禀赋差，人无论男女大小，皆有耐漆不耐漆者。这对接触过敏性病变的认识，尤其是对个体差异的认识，无疑是十分正确的。巢元方关于过敏这一观察之精和分析之深刻便更令我们肃然起敬。
关于生殖系统疾患，巢元方《诸病源候论》突出强调了男性不育症的病因在于精冷精稀导致不育、精不射出导致不育，指明无嗣并非女方单方患病所致，这一论述的意义远远不限于医学治疗领域。
关于妇女不孕，巢元方详细列述病因，有风冷入胞、月经不利、腹部肿瘤、子宫脱垂等，以便医家临证详审细分，对证治之。
关于新生儿破伤风(脐疮)和小儿先天性癫痫。《诸病源候论》中都予以具有进步性的阐述。对于各种临床最为常见的内科杂病，巢元方也有更为详尽的论述。
对“真心病”病因的介绍，巢元方指出：心之正经不可伤，伤之而痛为真心痛，朝发夕死，夕发朝死。更进一步区别发病之愈后不同的原因，巢元方强调根本原因在于伤正经者速死，伤支别络脉者乍间乍甚，故成疹不死———原因在于伤损动脉的大小主次之别。
《诸病源候论》作为一部研究诸病原因及证候的专著，自然不会忽略占病痛中相当部分的外科、伤科疾病。因而，书中大量有关外科手术、作科治疗的记载，充分反映了隋代及其前期的中医外科、伤科医疗水平。
巢元方对于开放性创伤创面异物去除必要性的认识：“金伤筋骨候”中强调只有清除异物，才能促进创口愈合；如碎骨或其他异物未除，便令人脓血不绝，痛烦不安；若箭镞入内则必先拔出，而后敷药方可合伤愈。这与当代创伤外科的清创原则是一致的。
巢元方的《诸病源候论》还令人惊叹地论述到肠吻合术的实施方法步骤、术后注意事项等。肠吻合术应和于腹部创伤肠管断裂者，取断肠两端可见者，迅速以针缕如法，边续断肠，后取鸡血涂于缝口上，勿令气泄，推入腹内。术后护理重点在于二十日内研米粥饮服，不可饱食，术后百日方可正常进食。
《诸病源候论》还记载了大网膜的切除术，包括坏死的大网膜部分的血管结扎和大网膜部分切除术。采用生丝线将腹部外伤中受损的大网膜动脉结扎一夜，造成供血区域的扇形坏死，次日将其坏死部分一并切除；切除术后不可立即缝合腹腔，须将腹腔内血汁导出(引流)；缝合部有严格的纵横、阴阳、逆顺、缓急等层次区别，使腠理皮肤，复愈如常。
《诸病源候论》所介绍的外科腹部水平是公元7世纪人类外科医学的最高峰。
巢元方编撰《诸病源候论》五十卷，分六十七门，载列证候论，分别列述了内、外、妇、儿、五官、口齿、骨伤等各科疾病的病因与证候，并讨论了一部分疾病的诊断、预后、以及预防、摄生、导引按摩、外科手术等一些治疗方法。此书为中国第一部中医病因证候学专著，也是第一部由朝廷组织集体撰作的医学理论著作，在中国医学史上占有重要地位，对后世影响十分深远。
《诸病源候论》主论病因证候，不载方药：书中以病为纲，每类疾病之下，分述病证概念、病因、病机、和证候。收罗病证之全前所未见，对病因病理的阐述和对证候的描述具有较高水平。
《诸病源候论》发展了中医病因学理论：提出“乖戾之气”是传染性疾病的致病因素，并提出预先服药可以预防疫病感染。书中记载了多种人体寄生虫病，详述其形态及感染途径；并提出疥疮与疥虫侵染有关；炭疽病为传染所致；漆疮系“禀性畏漆”引起的过敏；山区瘿病是饮用了“沙水”致病。书中的许多新观点和记载有较大进步。
《诸病源候论》在病理方面：书中对多种疾病的病变、转归有详细记载和系统描述，突出了各病的特殊证候，在临床鉴别诊断上有重要意义。
《诸病源候论》在证候分类学方面：对病症分门别类，使之系统化。如妇产科分杂病、妊娠病、将产病、难产笔耕内、产后病五类。这种分类更加细致、明确，有利于临床应用。
《诸病源候论》是我国医学史上第一部系统总结疾病病因、病理、证候的专著，并对隋以后两代医学的发展都产生了巨大的影响。对祖国医学的发展有突出贡献，为历代医家所推重。创“补养宣导”法。广泛运用导引法于医疗。撰《养生方导引法》，论述一千七百二十七钟病候，大都附“补养宣导”法，“以代药品”。如“风痹手足不随候”，其“补养宣导”法：“左右拱手，两臂不息九通，治臂足痛、劳倦、风痹不随”。对发展医疗体操有积极贡献。
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